体系的运行
(1)全面的教育、培训
全面的教育、培训是体系开始运行的**步。体系的运行，需要组织全体人员的积极参与，组织各个岗位的人员只有理解了系统化职业健康安全管理的重要性及个人在其中的作用，才能主动、有效地参与其管理活动。从体系开始运行的角度，需要对组织的全体员工进行如下几方面的教育、培训：
①体系的基本知识，包括标准知识及达到标准要求的重要性等；
②组织的体系文件内容，包括职业健康安全方针的理解，手册、程序文件结构及要求；
③组织各部门、各岗位人员在体系中的职责和权限。
(2)体系文件的分发、定位
体系文件是组织进行职业健康安全管理的具体准则，它是按体系标准要求制定的，对组织内部各个岗位开展职业健康安全工作具有指导作用的、一个具体的、可操作的规范性文件。体系文件是有针对性和分层次的，组织内各个岗位都应有其主导性文件和相关性文件。要使组织的体系有效地运行起来，必须使必要的体系文件分发到位。
(3)职业健康安全管理方案的实施
职业健康安全管理方案的有效实施是降低组织职业健康安全风险、实现持续改进的关键。在体系的策划阶段，组织根据风险评价结果以及技术、经济等方面因素，制定了职业健康安全目标和旨在实现目标的管理方案，要使管理方案中降低风险的措施真正落实到实处，必须要使相应的资金、人员等到位。各部门及人员必须严格履行方案中规定的职责，按管理方案规定的时间期限完成相应的工作任务。
(4)严格执行程序文件规定
体系是一个系统、结构化的管理体系，它所包含的各项工作活动都是程序化的，体系的运行离不开程序文件的指导。组织的职业健康安全程序文件及其相关三级文件，在组织内部都是具有法定效应的，必须严格执行，只有这样才能使体系正确运行，才能达到标准的要求。
体系的保持
要求组织不但要建立体系，而且要予以保持。保持体系要体现持续改进的核心思想。
(1)严格监视体系的运行情况
为保持体系正确、有效地运行，必须严格监视体系的运行情况，避免出现与GB/T28001不符合的现象。体系运行情况的监视要全面、细致，涉及到管理活动、生产操作、工艺运行等方方面面。
(2)对不符合要采取及时、有效的纠正和预防措施
在体系的运行过程中，不符合的出现是不可避免的，包括事故、事件也难免要发生，关键是相应的纠正和预防措施是否及时和有效，以保证今后不出现或少出现类似的不符合、事故、事件，保持职业健康安全管理体系的充分、有效运行。
(3)定期开展体系内部审核
体系经过一段时期的运行后，在整体上是否正确运行，需要通过完整的内部审核来判定。为保证内部审核的质量，正确反应体系存在的问题，在审核人员、方法、程序等方面都有严格的规定。
(4)组织的最高管理者要定期组织管理评审
对于一个组织，其内部情况和外部环境都是在不断变化的，其管理体系是否适应新的情况和环境，需要通过最高管理者组织的管理评审来判定。通过管理评审，可判定组织的体系面对变化的内部情况和外部环境，是否充分、适用、有效，由此决定对体系是否作出调整，包括方针、目标、机构、程序等。
(5)完成PDCA循环管理，不断持续改进
保持体系，不仅要使体系正确、有效地运行，还要达到持续改进。组织在不断完成体系要素要求的同时，要达到持续改进的要求，这可能会体现在对体系的改进、完善上，以及通过完成新的职业健康安全目标而使职业健康安全状况得到进一步的改进。
