三标一体化过程中，由于QMS、EMS、OHSMS三个体系在管理目的、对象的特点不同，三个标准之间存在着较大的差异，管理体系及其要素的应用因不同的目的和不同相关方而异。QMS针对的是顾客的需要，EMS服务于众多的相关方的需要和社会对环境保护不断发展的需要，OHSMS服务于职业健康安全条件影响的企业内部员工和外部来访者，三个体系自成系统，各司其职。
加工企业内负责质量管理、环境保护和安全卫生的不是一个部门，因此，在实施体系时大都采用了各自独立的体系，体系之间没有或很少有交叉，这种多体系和大量重复文件的情况导致管理效率降低，相同的工作多次重复，难以控制和实施。在三标一体化的过程一扫要注意避免产生此问题。
三标一体化过程中，对管理系统初始状态评审不够全面、完整。在建立一体化管理体系之前，应对管理现状进行评审。主要包括评价现存的组织机构、职责分配、资源配置、规章制度、标准惯例等的有效性和适宜性识别和确定一体化管理体系控制的对象（包括产品生产和管理过程、产品和活动中的重要环境因素、职业安全健康重大危险源/风险因素）；
明确企业应遵守的相关法律法规和要求，并对照现有生产管理水平、环境表现和职业安全绩效以及各种信息反馈（如事故、事件、不符合情况等），进行评价，找出差距，提出改进需求，为建立一体化管理体系打好基础。
三标一体化过程中，容易对原有的管理模式简单地融合进来，出现”两张皮”现象。所有“贯标”企业，在建立体系之前都客观存在着传统模式的管理体系，而且在以前的“贯标”过程，实际上就是将现有的管理体系按国际通用标准规范化、标准化、程序化的改造完善过程，不可能也无必要摒弃原来行之有效的管理手段和方法，重搞一套。
所以，面临的任务是如何在现有管理体系的基础上，尽快完成这个改造过程，建立一个更加适宜有效的崭新的管理体系。在这个过程中，不可避免地会出现新旧管理方式并存或脱节的“两张皮”现象。
